2010年5月13日 星期四

Phylogenetic analysis

0 意見 張貼者： Windlessday 於 中午12:46

Distance matrix methods:
1.    UPGMA --> 假設演化速率須一致才可用
2.    Neighbor-joining method --> 最廣泛應用，但會遺失序列特性, 全部轉為distance 數字畫樹
A.   Distance matrix 需經校正
校正方法:
l  Jukes-cantor (JC or JC69) : one rate of substitution, equal base frequencies
l  Kimura 2-Parameter (K2P or K80)  two types of substitution, equal base frequencies
l  Felsentein 1981(F81) : one rate of substitution, unequal base frequencies
l  Hasegawa, or Felsentein (HKY85 or F84) : two types of substitution, unequal base frequencies
l  Tamura and Nei (TN93) : tree types of substitution, unequal base frequencies
l  General time Reversible (GTR) : six types of substitution, unequal base frequencies
 à 若須精確計算(演化、流病、分子時鐘等可先跑 LRT (likelihood ratio test)，決定選用的 model
à 一般採用 HKY85 , 鹼基頻率一致時採K2P即可
B.   Phylip 操作
                                               i.          Use [ClustalW method] run multiple sequence alignment à output format : phylip à rename output file as “infile”
                                             ii.          Use [dnadist.exe] run distance matrix table to get “outfile” à rename “outfile” as “infile”
                                           iii.          Run [neighbor.exe] to generate “outtree”
                                           iv.          View as [treeview]


Character state methods:
1.    Maximum parsimony method (最大簡約法) à 依據最簡約的演化步驟所得演化樹，以sequence 特性畫圖, 但只計算 information site (至少其中二組序列含相同突變才考量)。(優點: 可得多種演化樹供選擇, 缺點: 不遵循minimal evolution不適用, 例HIV演化)
A.       演算法則:
                       i.              Exhaustive search : 一定可得最短演化路徑
                      ii.              Branch and bound : 以巧妙運算所得最短演化樹, 但可能非最短演化路徑
                    iii.              ….
Parsimony 方法可能會有 Hill-climbing algorithms, 所以輸入的序列必須選擇Random order, NJ法沒此問題。
會得到多種演化樹選擇, 可重新畫出 consensus tree
B.       Phylip 操作
                       i.              Run [dnapars.exe]  
l  S à choose “rearrange on one best tree”
l  J à Randomize ….--> 給一個奇數 à Mix 次數 1
l  Y à get “outtree” à rename it as “intree”
                      ii.              Run [consensus.exe] to generate “outtree”  
                    iii.              View as [treeview]
2.     Maximum likelihood method à 不假設演化為簡約方式，以所有序列計算最大likelihood, 故短序列 (<500bp)採用最佳。演算基於統計方法, 可得P value, 不須再進行 Bootstrap. (缺點: 演算慢)
A.       Phylip 操作
                       i.              Run [dnaml.exe] to generate “outfile” and “outtree”
                      ii.              View “outtree” with [treeview], “outfile” with [notepad]


Statistical test for phylogenetic tree
l  Bootstrap analysis à 演化樹經重新取樣後, topology 還是可重覆出現的比率，至少75%以上才為可信的單系群, 70%可勉強接受, 若值低於70%以下, 若不同演算法可得相同的結果, 也可佐證。
1.       Run “seqboot.exe” to generate 1000 rearrangement sequences file à rename “outfile” as “infile”
2.       In N-J method
u  Run “dnadist.exe” to get distance matrix file à rename “outfile”as“infile”
※   M: yes, 1000 data sets
u  Run [neighbor.exe] to generate 1000 “outtree” à rename “outtree” as “intree”
※   M: yes, 1000 data sets
u  Run [consensus.exe] to generate consensus “outtree”
u  View “outfile” with [notepad]  
※   發表時須使用 “original tree” 標上bootstrap 統計值, 不可直接使用 bootstrap 所得之演化樹
3.       In Parsimony methods
u  Run [dnapars.exe] 
※   S: choose “rearrange on one best tree”
※   J: Randomize ….--> 給一個奇數 à Mix 次數 1
※   M: D, 1000 data sets
※   Y: get“outtree”rename it as“intree”
u  Run [consensus.exe] to generate “outtree” 
u  View “outfile” with [notepad] 
※   發表時須使用 “original tree” 標上bootstrap 統計值, 不可直接使用 bootstrap 所得之演化樹
4.       In Likilihood methods
u  Run [dnaml.exe] 
u  Y: get “outtree” à rename it as“intree”
u  View “outtree” with [treeview], “outfile” with [notepad]
※   發表時須使用 “original tree” 標上bootstrap 統計值, 不可直接使用 bootstrap 所得之演化樹


Guideline

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2010年4月13日 星期二

OGA remove

0 意見 張貼者： Windlessday 於 上午11:17

msiexec.exe /uninstall {B2544A03-10D0-4E5E-BA69-0362FFC20D18}

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2010年4月8日 星期四

賴皮指令

0 意見 張貼者： Windlessday 於 晚上11:06

Windows 7中可以利用「slmgr.vbs -rearm」指令，重複試用Windows長達90天

slmgr.vbs -dlv 最詳細的啟動訊息

slmgr.vbs -ipk 更換Win 7產品金鑰

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電子郵件張貼文章到 blog

0 意見 張貼者： Windlessday 於 晚上10:11

若要透過電子郵件張貼文章到您的 blog，需要在 [設定 | 電子郵件] 中設定您的 Mail-to-Blogger 電子郵件地址：

電子郵件地址的格式為 username.secretword@blogger.com。 請注意此電子郵件地址必須保密。否則，任何取得此電子郵件地址的人都可以冒用您的身分進行張貼。

此外，也請務必指定您是否偏好自動發佈電子郵件文章。 如果沒有勾選此選項，那麼在您下次登入 Blogger.com 並自行發佈之前，您的文章將儲存在您的帳戶中，但不會出現在 blog 中。

一旦您儲存好 [設定] 後，便可以傳送電子郵件到您的 blog。 您的電子郵件主旨將是文章的標題，電子郵件內文則是文章本身。

附註：

  • 有時候，電子郵件程式會在每封已傳送郵件的底部附加文字，為確保這些多餘文字不會張貼到您的 blog，請在文章末端加上#end 

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2010年3月29日 星期一

取得伺服器資訊

0 意見 張貼者： Windlessday 於 晚上11:52

echo "IP is : ".$_SERVER ["REMOTE_ADDR"];
echo "
Server name : ". $_SERVER ["SERVER_NAME"];
echo "
Browser : ".$_SERVER["HTTP_USER_AGENT"];
echo "
Brow file : ".$_SERVER["PHP_SELF"];
echo "
Linked server : ".$_SERVER["SERVER_SOFTWARE"];

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EXCEL 下拉式選單

0 意見 張貼者： Windlessday 於 上午11:17

1. 在工作表1中建立資料

2. 在新工作表2中建立資料來源
3. 工作表 1 --> 選擇要加入下拉式選單之欄位
4. 資料 --> 資料驗證
4. 1 設定 -> 儲存格內允許 --> 清單
來源 --> =sheet1!$A$1:$A$30

4.2 錯誤提醒 --> 停止 (可輸入清單以外資料)
4.3 確定
5. 隱藏或保護工作表2
6. 完成

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2010年3月15日 星期一

筆電變AP

0 意見 張貼者： Windlessday 於 下午2:26

1. 輸入「cmd」（不含括號）之後，同時按下鍵盤上的Ctrl+Shift+Enter，取得管理員權限

2. 輸入 netsh wlan set hostednetwork mode=allow ssid=名稱 key=密碼
3. 輸入 netsh wlan start hostednetwork
4. 已啟動主控網路 --> 檢視作用中的網路 --> 共用 --> 允許其它網路使用者透過這台電腦的網際網路連線來連線




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2010年3月7日 星期日

CPU測試成績

0 意見 張貼者： Windlessday 於 下午4:06


個人參考用, 資料來源:


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2010年2月24日 星期三

青花瓷 - 好美的歌詞啊

0 意見 張貼者： Windlessday 於 凌晨12:25

青花瓷

詞：方文山
曲：周杰倫

素胚勾勒出青花筆鋒濃轉淡
瓶身描繪的牡丹一如妳初妝
冉冉檀香透過窗心事我了然
宣紙上 走筆至此擱一半

釉色渲染仕女圖韻味被私藏
而妳嫣然的一笑如含苞待放
妳的美一縷飄散
去到我去不了的地方

天青色等煙雨 而我在等妳
炊煙裊裊昇起 隔江千萬里
在瓶底書漢隸仿前朝的飄逸
就當我 為遇見妳伏筆

天青色等煙雨 而我在等妳
月色被打撈起 暈開了結局
如傳世的青花瓷自顧自美麗
妳眼帶笑意

色白花青的錦鯉躍然於碗底
臨摹宋體落款時卻惦記著妳
妳隱藏在窯燒裡千年的秘密
極細膩 猶如繡花針落地

簾外芭蕉惹驟雨 門環惹銅綠
而我路過那江南小鎮惹了妳
在潑墨山水畫裡
妳從墨色深處被隱去

天青色等煙雨 而我在等妳
炊煙裊裊昇起 隔江千萬里
在瓶底書漢隸仿前朝的飄逸
就當我 為遇見妳伏筆

天青色等煙雨 而我在等妳
月色被打撈起 暈開了結局
如傳世的青花瓷自顧自美麗
妳眼帶笑意

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2010年2月22日 星期一

合歡山

0 意見 張貼者： Windlessday 於 下午3:04

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