2014年7月21日 星期一

Amino acid 特性表

0 意見 張貼者： Windlessday 於 上午11:46



Feature Category
Ala
Arg
Asn
Asp
Cys
Glu
Gln
Gly
His
Ile
Leu
Lys
Met
Phe
Pro
Ser
Thr
Trp
Tyr
Val
Feature Count
Active or catalytic sites
7
137
71
197
110
120
35
82
225
3
14
94
2
18
10
69
44
4
31
3
Binding sites
59
247
93
332
128
181
85
282
183
48
73
233
24
75
105
131
77
40
69
31
Functional loops and regions
27
35
14
96
3
34
52
79
52
26
56
18
3
42
41
38
63
2
29
31
Interfaces
28
78
37
39
11
30
20
35
9
15
32
46
7
31
26
20
10
10
32
32
Motifs
133
107
109
376
36
102
32
399
72
57
98
368
14
66
50
155
215
30
77
76
Other sites
4
14
21
38
56
20
3
29
54
7
8
9
3
6
3
49
15
6
13
7
Sum
258
618
345
1078
344
487
227
906
595
156
281
768
53
238
235
462
424
92
251
180
Charge
0
+
- / +
-
- / +
-
- / +
0
+
0
0
+
0
0
0
- / +
- / +
0
- / +
0
Abundance (%)
8.84
5.7
4.17
5.39
1.24
6.24
3.82
7.03
2.2
5.95
9.94
5.27
2.37
4
4.71
6.72
5.43
1.21
3
6.77
Hydrophobicity
0.81
0
0.45
0.42
0.72
0.46
0.43
0.77
0.55
1
0.92
0.26
0.81
0.95
0.68
0.6
0.63
0.85
0.71
0.92
Side chain flexibility
( No:none; Re:restricted; Li:Limited; Lo:Low; M0:moderate; Hi:high)
Li
Hi
Mo
Mo
Lo
Hi
Hi
No
Mo
Mo
Mo
Hi
Hi
Mo
Re
Lo
Lo
Mo
Mo
Lo
Potential side chain H-bonds
0
7
5
4
0
4
5
0
3
0
0
3
0
0
0
3
3
1
3
0
Interaction modes
Covalent disulfide bonds
　
　
　
　
Yes
　
　
　
　
　
　
　
　
　
　
　
　
　
　
　
Ionic
　
Yes
　
Yes
　
Yes
　
　
Yes
　
　
Yes
　
　
　
　
　
　
　
　
H-bonds
　
Yes
Yes
Yes
　
Yes
Yes
　
Yes
　
　
Yes
　
　
　
Yes
Yes
Yes
Yes
　
aromatic stacking
　
　
　
　
　
　
　
　
Yes
　
　
　
　
Yes
　
　
　
Yes
Yes
　
van der Waals
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes

標籤： ,

2014年7月1日 星期二

Delphi 7 Class II

0 意見 張貼者： Windlessday 於 上午11:44

unit Unit1;

interface

uses
  Windows, Messages, SysUtils, Variants, Classes, Graphics, Controls, Forms,
  Dialogs, Spin, StdCtrls;

type
  TForm1 = class(TForm)
    Button1: TButton;
    Button2: TButton;
    Memo1: TMemo;
    SpinEdit1: TSpinEdit;
    Label1: TLabel;
    procedure Button1Click(Sender: TObject);
    procedure Button2Click(Sender: TObject);
  private
    { Private declarations }
  public
    { Public declarations }
  end;

var
  Form1: TForm1;
  a: array[1..100] of integer;
  k: integer=0;
implementation

{$R *.dfm}

procedure TForm1.Button1Click(Sender: TObject);
begin
 k := k+1;
 a[k] := SpinEdit1.Value;
Label1.Caption := '第' + IntTOStr(k) + ' 位學生' + IntTOStr (A[k]) + '分'
 end;

procedure TForm1.Button2Click(Sender: TObject);
var i:integer;
begin
 Memo1.Clear;
 for i := 1 to k do Memo1.Lines.Add(IntTOStr(a[i]))
end;

end.



------------------------------------------------------


unit Unit2;

interface

uses
  Windows, Messages, SysUtils, Variants, Classes, Graphics, Controls, Forms,
  Dialogs, Spin, StdCtrls;

type
  TForm1 = class(TForm)
    Button1: TButton;
    Button2: TButton;
    Memo1: TMemo;
    SpinEdit1: TSpinEdit;
    Label1: TLabel;
    SpinEdit2: TSpinEdit;
    procedure Button1Click(Sender: TObject);
    procedure Button2Click(Sender: TObject);
  private
    { Private declarations }
  public
    { Public declarations }
  end;

  stu = record
     name: string[12];
     eng,mat: integer;
   end;
var
  Form1: TForm1;
  a: array[1..100] of stu;
  k: integer=0;
implementation

{$R *.dfm}

procedure TForm1.Button1Click(Sender: TObject);
begin
 k := k+1;
 a[k].name := '學生' + IntTOStr(k);
 a[k].eng := SpinEdit1.Value;
 a[k].mat := SpinEdit2.Value;
 Label1.Caption := '第' + IntTOStr(k) + ' 位學生' + IntTOStr (A[k].eng) + ',' + IntTOStr (A[k].mat) + '分'
 end;

procedure TForm1.Button2Click(Sender: TObject);
var i:integer;
begin
 Memo1.Clear;
 for i := 1 to k do Memo1.Lines.Add(a[i].name + ':' + IntTOStr(a[i].eng) + ',' + IntTOStr(a[i].mat));
end;

end.


---------------------------------------


unit Uni3;

interface

uses
  Windows, Messages, SysUtils, Variants, Classes, Graphics, Controls, Forms,
  Dialogs, Spin, StdCtrls;

type
  TForm1 = class(TForm)
    Button1: TButton;
    Button2: TButton;
    Memo1: TMemo;
    SpinEdit1: TSpinEdit;
    Label1: TLabel;
    SpinEdit2: TSpinEdit;
    Button3: TButton;
    procedure Button1Click(Sender: TObject);
    procedure Button2Click(Sender: TObject);
    procedure Button3Click(Sender: TObject);
  private
    { Private declarations }
  public
    { Public declarations }
  end;

//宣告形式
  stu = record
     name: string[12];
     eng,mat: integer;
   end;

var
  Form1: TForm1;

//宣告陣列
  a: array[1..100] of stu;
  k: integer=0;
//宣告檔案 
 f: file of stu;
implementation

{$R *.dfm}

//bottom 1 點擊輸入成績
procedure TForm1.Button1Click(Sender: TObject);
begin
 k := k+1;
 a[k].name := '學生' + IntTOStr(k);
 a[k].eng := SpinEdit1.Value;
 a[k].mat := SpinEdit2.Value;
 Label1.Caption := '第' + IntTOStr(k) + ' 位學生' + IntTOStr (A[k].eng) + ',' + IntTOStr (A[k].mat) + '分'
 end;

//bottom2 點擊產生memo列表
procedure TForm1.Button2Click(Sender: TObject);
var i:integer;
begin
 Memo1.Clear;
 for i := 1 to k do Memo1.Lines.Add(a[i].name + ':' + IntTOStr(a[i].eng) + ',' + IntTOStr(a[i].mat));
end;

//bot
procedure TForm1.Button3Click(Sender: TObject);
var i:integer;
begin
  AssignFile(F, 'stu.txt'); Rewrite(f);
  for i :=  1 to k do Write(f, a[i]);
  CloseFile(f);
end;

end.


--------------------------------------


unit Uni3;

interface

uses
  Windows, Messages, SysUtils, Variants, Classes, Graphics, Controls, Forms,
  Dialogs, Spin, StdCtrls;

type
  TForm1 = class(TForm)
    Button1: TButton;
    Button2: TButton;
    Memo1: TMemo;
    SpinEdit1: TSpinEdit;
    Label1: TLabel;
    SpinEdit2: TSpinEdit;
    Button3: TButton;
    Button4: TButton;
    procedure Button1Click(Sender: TObject);
    procedure Button2Click(Sender: TObject);
    procedure Button3Click(Sender: TObject);
    procedure Button4Click(Sender: TObject);
  private
    { Private declarations }
  public
    { Public declarations }
  end;

  stu = record
     name: string[12];
     eng,mat: integer;
     end;
 Const FileName = 'stu.txt';

 var
  Form1: TForm1;
  a: array[1..100] of stu;
  k: integer=0;
  f: file of stu;
implementation

{$R *.dfm}

procedure TForm1.Button1Click(Sender: TObject);
begin
 k := k+1;
 a[k].name := '學生' + IntTOStr(k);
 a[k].eng := SpinEdit1.Value;
 a[k].mat := SpinEdit2.Value;
 Label1.Caption := '第' + IntTOStr(k) + ' 位學生' + IntTOStr (A[k].eng) + ',' + IntTOStr (A[k].mat) + '分'
 end;

procedure TForm1.Button2Click(Sender: TObject);
var i:integer;
begin
 Memo1.Clear;
 for i := 1 to k do Memo1.Lines.Add(a[i].name + ':' + IntTOStr(a[i].eng) + ',' + IntTOStr(a[i].mat));
end;

procedure TForm1.Button3Click(Sender: TObject);
var i:integer;
begin
  AssignFile(F, FileName);
  if FileExists(FileName) then begin Reset(f); seek(f,FileSize(f)); end else Rewrite(f);
  for i :=  1 to k do Write(f, a[i]);
  CloseFile(f);
end;

procedure TForm1.Button4Click(Sender: TObject);
var student: stu;
begin
 AssignFile(f, FileName);
  if FileExists(FileName) then Reset(f) else begin ShowMessage('File not found'); Exit; end;
  while not eof(f) do begin
  Read(f, student);
  Memo1.Lines.Add(student.name + ':' + IntTOStr(student.eng) + ',' + IntTOStr(student.mat));
  End;
  CloseFile(f);
end;

end.

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2014年5月30日 星期五

Delphi 7 class I

0 意見 張貼者： Windlessday 於 上午10:14

unit test;

interface

uses
  Windows, Messages, SysUtils, Variants, Classes, Graphics, Controls, Forms,
  Dialogs, StdCtrls, Spin;

type
  TForm1 = class(TForm)
    Button2: TButton;
    Label1: TLabel;
    Edit1: TEdit;
    Button1: TButton;
    SpinEdit1: TSpinEdit;
    SpinEdit2: TSpinEdit;
    Button3: TButton;
    Button4: TButton;
    procedure Button2Click(Sender: TObject);
    procedure Label1MouseEnter(Sender: TObject);
    procedure Label1MouseLeave(Sender: TObject);
    procedure Button1Click(Sender: TObject);
    procedure Button3Click(Sender: TObject);
    procedure Button4Click(Sender: TObject);
  private
    { Private declarations }
  public
    { Public declarations }
  end;

var
  Form1: TForm1;

implementation

{$R *.dfm}

procedure TForm1.Button2Click(Sender: TObject);
begin
 ShowMessage('Hello..World')
end;

procedure TForm1.Label1MouseEnter(Sender: TObject);
begin
label1.Font.Color := clRed
end;

procedure TForm1.Label1MouseLeave(Sender: TObject);
begin
label1.font.color := ClBlack
end;

//顥示訊息
procedure TForm1.Button1Click(Sender: TObject);
begin
 ShowMessage(Edit1.text)
end;

//計算累加
procedure TForm1.Button3Click(Sender: TObject);
var i,sum: integer;
begin
sum := 0;
for i:= SpinEdit1.Value to SpinEdit2.value do sum :=sum + i ;
Showmessage (InttoStr(sum));
end;

// 計算偶數
procedure TForm1.Button4Click(Sender: TObject);
var i,sum: integer;
begin
sum := 0;
for i:= SpinEdit1.Value to SpinEdit2.value do if (i mod 2 = 0) then sum :=sum + i ;
Showmessage (InttoStr(sum));
end;

end.

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2014年3月25日 星期二

自由軟體繪圖

0 意見 張貼者： Windlessday 於 下午3:56

1. 向量圖取得 http://openclipart.org/
2. 線上編輯工具 imagebot 




標籤： ,

2014年3月11日 星期二

NCBI 縮寫表

0 意見 張貼者： Windlessday 於 下午3:48

Search Field
Short Field Specifier†
Example
[Accession]
[ACCN]
AF123456[ACCN] 
[All Fields]
[ALL]
human[All Fields]   
[Author]
[AU]
venter jc[AUTH]  
[Gene Name]
[GENE]
BRCA1[GENE]  
[Organism]
[ORGN]
cellular organisms[ORGN]   
human[ORGN] 
[Properties]
[PROP]
Molecule type
biomol crna[PROP] 
biomol_genomic[PROP] 
biomol_mrna[PROP] 

Cellular location
gene_in_genomic[PROP]  
gene_in_mitochondrion[PROP]  
[ Name]
[PROT]
aldolase[PROT]  
[Sequence Length]
[SLEN]
755[SLEN] 
100:1000[SLEN] 
[Title]
[TI]
complete cds[TI] 
kinesin[TI]  
public type
Free full text
[ptyp]
"loattrfree full text"[sb]
review [ptyp] 
"loattrfree full text"[sb]

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2013年10月22日 星期二

PS 筆記

0 意見 張貼者： Windlessday 於 下午3:23

1 . 旋轉 / 變型 文字 crtl + T

標籤： ,

2013年4月30日 星期二

在 google drive 中使用 HTML

0 意見 張貼者： Windlessday 於 下午2:42

1. 上傳 html 文件至 火google drive


2. 連線網址 https://googledrive.com/host/xxxxxxxxxxxxx/


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2013年4月11日 星期四

敏感性(sensitivity)、特異性(specificity)、ROC曲線

0 意見 張貼者： Windlessday 於 上午10:28


敏感性(sensitivity)與特異性(specificity)
•敏感性: 陽性患者確診為陽性的比率  à a / a+c
•特異性: 陰性患者確認為陰性的比率 à d / b+d
生病
沒生病
檢查陽性
a
b
檢查陰性
c
d

接收者操作特徵（receiver operating characteristic，或者叫ROC曲線）是一種對於靈敏度進行描述的功能圖像。

--> 隨著檢測結果陽性率的增加， 偽陽性發生的比率也會上升, 因此ROC曲線以真陽性(TPR)為Y軸對偽陽性(FPR)為X軸畫出相關圖， 以驗證該檢測方法的合適性

真陽性(TPR) = 敏感性
偽陽性(FPR) = 1 - 特異性 


可用曲線下面積 (area under curve, AUC) 判別ROC鑑別率

AUC=0.5 無判別力 (no discrimination)
0.7 > AUC > 0.8 可接受判別力 (acceptable)
0.8 > AUC > 0.9 好的判別力 (excellent)
AUC > 0.9 非常好的判別力 (outstanding)

標籤：