2008年12月17日 星期三
Pymol 筆記
1. 取得檔案 fetch 1guv
2. 選擇胺基酸 à 右下角”S”白字
3. 標示某胺基
select bb, name c+o+n+ca # Atoms included in the
# named-selection are indicated
# with pink dots in the viewer.
color yellow, name c+o+n+ca # Backbone are colored yellow,
l color blue, cys/
l show sticks, cys/
l show cartoons, a/10-12/ca
l color white # Everything turns white. This looks fine on the default black background, but causes disappearance if you've changed the background to white.
l color orange, pept # Remember that "pept" is our object−name, so the entire object is colored orange.
l color green, resi 50+54+58 # The representation of residues numbered 50, 54 and 58 is colored green.
l color yellow, resi 60−90 # The representation of residues numbered 60 through 90 is colored yellow.
l color blue, akeeper # Residues which were collected in the named selection "akeeper," are colored blue.
l color red, ss h # The representations of helical residues are colored red.
l color yellow, ss s # The representations of beta sheet residues are colored yellow.
l color green, ss l+"" # The representations of loop and unassigned residues are colored green.
4. Secondary Structure Assignment
l show cartoon
l alter 11-40/, ss='H' # assign residues 11-40 as helix
l alter 40-52/, ss='L' # assign residues 40-52 as loop
l alter 52-65/, ss='S' # assign residues 52-65 as sheet
l rebuild # regenerate the cartoon
5. Cartoon Types
l set cartoon_color,blue
l set cartoon_cylindrical_helices,1
l set cartoon_fancy_helices, 1
l set cartoon_smooth_loops, 1
l set cartoon_highlight_color, grey
l set cartoon_transparency, 0.5
6. 高品質輸出
l ray 2400,2400
l file à save image as à PNG
7. Global Protein Surface Survey Plugin
l place “GPSSpyMOL.py” file into the following directory: $PYMOLPATH/module/pmg_tk/startup/
l "Plugin" menu à “Global Protein Surface Survey”.
l "GPSS Surfaces All" shows all CASTp and ligand, metal, and peptide surfaces..
l Enter a PDB identification code:
l The plugin will load the PDB and all the associated surfaces. All pockets are shown in surface mode. Simply click on the surface name to toggle on/off.
8. Hydrogen Bonding
l distance 542/oe1,538/ne
l distance 542/oe2,538/nh2
l hide labels, dist01
l label (542/oe1), " %s" % (" E542")
l label (538/ne), " %s" % (" R538")
9. Show Sticks ball
l # turn on the representation for everything in PyMOL
preset.ball_and_stick('all')
l Balls with sticks really look nice. You can even create your own style of this, with control over sphere_scale and stick_radius.
hide lines
show sticks
show spheres
set stick_radius=0.1
set sphere_scale=0.25
l Also OK:
show sticks
set valence, on
set stick_ball, on
set stick_ball_ratio, 3
set stick_radius, 0.12
10. Movies
load test/dat/pept.pdb
# load a structure
mset 1 x60
# define the movie
util.mrock(1,60,10,1,1)
# issues mdo commands to create +/− 10 deg. rock over 60 frames
set ray_trace_frames=1
set cache_frames=0
mclear
mpng mov
# will create mov0001.png, mov0002.png, etc.
2008年12月15日 星期一
Mio A201恢復系統的預設值
打開電池蓋
開關關閉再打開
將電池裝進去
先按螢幕旁的錄音鍵
螢幕上出現CoolStar
電池蓋蓋上去
2008年12月7日 星期日
1. 網路線以 LAN to LAN port 連接
2. 關閉 wl-520g的 DHCP 功能
完成設定。
2008年11月10日 星期一
1。 下載 wubi （http://wubi-installer.org/） －＞ 安裝
2。 下載 lazybuntu （http://lazybuntu.openfoundry.org/）－＞ 解壓縮 －＞ 安裝
3。安裝 Rasmol
［應用程式］－＞ ［添加］ －＞ 選擇 Rasmol
4. 安裝 Pymol
The Ubuntu pymol package can be installed with minimal effort using the GUI package manager synaptic, or on the command line, using the command
－－－－－－－－－－－－－－－－－－
sudo apt-get install pymol
－－－－－－－－－－－－－－－－－－
once the universe repository has been activated.
4。 安裝字典
＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊
Install STARdict
sudo apt-get install stardict
5。Wrong Architecture 'i386' problem
要裝 i386 版的deb
sudo apt-get install ia32-libs
然後
sudo dpkg -i --force-architecture
6. 安裝PRINTER
Installing Samba and Samba claint on Ubuntu
* Click System -> Administration -> Synaptic Package Manager
Enter your password
* Now click Search and type Samba in the search box.
* You should now see a list of items containing the word Samba.
* Right click on the Samba with the little ubuntu icon on it and select mark for installation.
* Click apply
* The packages will now be downloaded and installed.
Adding the printer on the Ubuntu machine
7. 更新出錯
1) sudo apt-get clean
2) sudo apt-get check
此時系統會跟你說哪一個檔案有問題, 把這些檔案 rename (mv xxxxx xxxxx.bck)
3) sudo apt-get update
2008年10月17日 星期五
chm檔打開後，看不到內容解決方法
1.滑鼠右鍵點選chm檔，選擇”內容”，然後點選“解除鎖定”按鈕即可。
2.第二種方法
執行chm檔，出現一個『打開檔案－安全警告』的提示介面，把介面裡的『打開此文件前總是詢問』的勾移除。
2008年10月14日 星期二
1. 「Office按鈕」-->「PowerPoint選項」。
2. 選「在功能區顯示[開發人員]索引標籤」-->「確定」。
3. 「開發人員」功能區 --> 點擊「其他控制項」按鈕。
4. 「Shockwave Flash Object」--> 確定。
5. 在投影片上拖曳Flash區域。
6. 在物件上，按右鍵，選「內容」。
7. 在 [字母順序] 索引標籤上，按一下 [Movie] 屬性。
在值欄位 ([Movie] 旁的空白儲存格) 中，輸入完整的磁碟機路徑，包括要播放的 Flash 檔案的檔案名稱 (例如 C\:MyFile.swf) 或統一資源定位器 (URL)。
2008年10月3日 星期五
2008年8月15日 星期五
原理：
對HKEY_CURRENT_USER\Software\microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\MountPoints2 機碼之Everyone 權限進行限制執行autorun.inf 檔中的設定。
僅對目前登入電腦的使用者有效，若同部電腦下有不同的帳號，須依相同步驟進行。本方法設定後無須重新開機，即刻生效。
步驟
1. 執行regedit。
2. 找機碼:
HKEY_CURRENT_USER\Software\microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\MountPoints2
3. 點選機碼，按右鍵選擇「使用權限」。
4. 新增使用者Everyone
5. 設定使用者Everyone 的完全控制權限為「拒絕」，選取套用/確定後離開。
還原設定：
若要回復設定，請依照步驟1-3，再移除Everyone 使用者，按套用/確定離開後即可。
2008年8月7日 星期四
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- 在無風的日子裡，我輕描淡寫，等待風的到來 ~ 我拍我的照片，不刻意追逐人們的熱門腳步，因為按下快門這一刻的感動，只有自己最為清晰，為照片寫下的故事，自己能懂。